以下是动画片机动新撰组之萌动之剑的简介：以明治维新后的京都為舞台。人类与妖怪一起生活著、但每天却会有一些未经政府许可而出现的妖怪到处作乱。為了逮捕它们以守护京都的治安，因而成立机动新撰组。但是过於庞大的债务，让新撰组出现经营危机。為了让新撰组能继续存在，坂本龙马的儿子‧坂本龙之介从上海回国受命经营并且与这些个性丰富的队员们一起过著多采多姿的生活。
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